L’APPARITION DE NOUVELLES SOUCHES DE CoV-2 SERA-T-ELLE LIMITÉE ? DANGER POUR L’AVENIR ?


Depuis le début de la pandémie de covid-19, plusieurs souches variantes se sont succédéES, conférant toutes un avantage sur les anciennes. Chaque fois, les mutations les plus importantes concernent la protéine de spicule, essentielle à la pénétration des particules virales dans les cellules et cible des anticorps neutralisants.  D614G, plus infectieuse, s’est imposée au début de l’année 2020. N501Y, plus infectieuse encore, l’a progressivement remplacée à partir de septembre 2020. Les souches N501Y (la plus connue est dite « variant anglais », souche V1) ont acquis, lorsqu’elles ont rencontré des populations immunisées par des poussées antérieures de covid, d’autres mutations permettant de surmonter l’immunité préexistante. La plus significative est E484K, accompagnée en général d’une mutation du résidu 417, notée dans les souches sud-africaine V2 et brésilienne V3. Pour un biochimiste, E484K apparait dramatique au premier coup d’œil : elle remplace en effet E, l’acide glutamique, par une base K, la lysine. Les modifications de charges électriques induites dans la protéine de spicule ont toutes les raisons d’en modifier la conformation, ce peut expliquer l’échappement à l’immunité acquise. Cette mutation E484K est apparue plusieurs fois, en Afrique du Sud, au Brésil, en Angleterre, à New-York. Cela suggère qu’il n’existe pas un grand nombre de solutions pour permettre au virus d’échapper aux anticorps et cellules immunes développés en réponse à une infection antérieure puisque la même est adoptée presque partout. Ce pourrait être une bonne nouvelle : Lorsque de nouveaux vaccins actifs contre les souches E484K auront été administrés, CoV-2 n’aurait plus à sa disposition d’autre ressource mutationnelle pour y échapper. Et se trouverait alors dans une impasse évolutive.

Les choses sont moins simples…et moins assurées, cependant. Dans le contexte de la protéine S de spicule N501Y (souche anglaise), il semble bien qu’aucune mutation ne soit en effet aussi efficace que E484K (+/- 417) pour échapper à une immunité développée contre les souches D614G dites « sauvage. »  Qu’en sera-t-il lorsque qu’un vaccin aura permis de se protéger contre ces souches types sud-africaine et brésilienne E484K ? La protéine de spicule avec une lysine (K) à la place d’un acide glutamique E en position 484 possède sans doute, je l’ai dit, une conformation assez différente des formes antérieures. C’est en quelque sorte une « nouvelle histoire. » Aucune mutation dans ce nouveau contexte ne sera-t-elle capable de déjouer l’immunité nouvelle ? Il serait hasardeux de l’affirmer.

D’ailleurs, une nouvelle souche se répand début avril avec vigueur en Inde. Il existe là aussi une mutation de l’acide glutamique 484 ; il n’est cependant pas remplacé par une lysine (K) mais par une glutamine (Q).

Les coronavirus de type B auxquels CoV-2 appartient sont en général plutôt stables, ce qui pourrait permettre d’alimenter un optimisme prudent. Cependant, CoV-2 se comporte vraiment comme un mauvais garçon, dans cette famille réputée sage. Avec lui, on ne peut préjuger de rien.

Un autre question alors que la vaccination bat son plein est celle du risque que font peser les souches V2, V3 et indienne dans les régions où s’est imposée la souche V1 anglaise (Europe, début aux États-Unis….) ? En l’absence d’immunité collective vaccinale, V2 et V3 ne se répandent pas dans ces pays, leur fréquence reste faible. L’hypothèse la plus plausible est que V1 est intrinsèquement plus infectieuse que V2 et V3. La mutation E484K est tellement dramatique pour la conformation de la protéine de spicule qu’elle pourrait bien en elle-même diminuer l’interaction du CoV-2 avec son récepteur cellulaire. Ce serait la raison pour laquelle on ne la trouve qu’associée à des mutations favorables à l’interaction telle que N501Y. On dit d’influences de mutations différentes les unes sur les autres qu’elles sont “épistatiques”. Il n’empêche, les souches N501Y + E484K sont un peu moins infectieuses que la souche anglaise V1, N501Y seule. Cela tant que la campagne vaccinale très efficace contre les souches historique et V1 n’a pas créé une forte immunité collective. Alors, V2 et V3, mois inhibées, prendront-elles l’ascendant dans le nouveau contexte ? Tel est le paramètre déterminant de l’avenir proche de la pandémie.

Paris, le vingt-six février et 18 avril 2021.

 

 

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9 thoughts on “L’APPARITION DE NOUVELLES SOUCHES DE CoV-2 SERA-T-ELLE LIMITÉE ? DANGER POUR L’AVENIR ?

  1. gguy : Vous avez raison, Bruno Canard est un formidable chercheur, comme Meriadeg Le Gouil ou les quelques autres coronavirologues basés en Guyanne. Il faut espérer que le projet DisCoVer Epicorem puisse arriver à ses fins, malgré le peu de subventions.
    Toutefois, cela ne vous empêche pas d’éviter de spammer sur le blog de ce cher Axel Kahn une multitude de réponses qui donnent l’impression que vous prenez plus de place que le variant anglais himself dans l’éco-système de ce page web.

  2. C’est plutôt une question d’un Candide: on entend dire que les vaccins par ARN messager sont susceptibles d’endommager le potentiel génétique.
    Que faut-il en penser? fakenews ou réel danger?
    Merci de nous éclairer

  3. Après une séquence anti ARN messager nous sommes dans une séquence pro ARN messager et anti astrazeneca qui deviendra peut être une séquence anti vecteur viral…

  4. E484 K echapperait aux anticorps neutralisants… Or d’après Anne Claire Siegrist, éminente vaccinologue suisse, les vaccins a vecteur viral induisent peu d’anticorps…
    Après Israël qui a choisi un mononvaccin Pfizer, la Suisse s’oriente vers une strategie mono plateforme ARN messager..

  5. Une fois definie l’antigene du nouveau vaccin à partir des variants, nous ne savons pas le correlat de protections, c’est a dire la quantité d’anticorps neutralisants necessaire a la protection…C’est une question immunologique , epidemiologique mais aussi épistémologique donc de philosophie des sciences biologiques et medicales. Je ne sais si Mael Lemone a aborde la question …
    Il est clair que la plate-forme vaccinale ARN messager est la plus rapide à adapter. C’est pourquoi la plateforme vaccinale à vecteur adenovirale, s’ oriente vers un mixage des vaccins …

  6. Si je comprend bien il y a une souche du départ chinoise avec des ramifications que l’on appele des lignées Elle s comme les branches d’un arbre généalogique du virus. C’est bien de la virologie mais les séquenceurs haut débit sont souvent ailleurs que dans le labo desv irologues…….Tout cela n’est pas structuré si bien que je me demande sur quelle base travaillent les geobiostatisticiens

  7. Si je comprends bien , toutes ces nouvelles lignées avec des variants dans la spicule de surface et en particulier dans le rbd réduiraient l’effet neutralisants des anticorps. Cela serait ds des études peliminaires ,démontrait in vitro avec des pseudo virus…La question est ya til vraiment une nouvelle souche ? La réponse de la 3 ème dose, du booster pour les les vaccines Arn messager devraient être complétée par un vaccin trivalent pour le prix d’un

  8. AXEL KAHN étant souvent présenté comme medecin geneticien, j’en avais déduit que son champ de competence c’était la genetique humaine et non la genetique virale. Selon son ami Philippe Froguel, AK aurait fait de la bonne biologie moleculaire animale.( sic)…Le virus est il un animal, un être vivant ? On noit les virus comme exogènes, le hors soit Sans les virus , nous les humains serions nous des mammifères.? Sans le microbiote et ses virus endogènes serions nous moins humain ?

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